עקרון העבודה של מסנן ממברנות קרמי מבוסס בעיקר על המבנה המיקרו-נקבי של ממברנות קרמיות. כאשר החומר הנוזלי לסינון עובר בלחץ מסוים, רכיבים שונים בחומר הנוזלי ייירטו בצד אחד של משטח הממברנה הקרמית, בעוד הנוזל השקוף יחדור לצד השני של פני הממברנה, ובכך ישיג הפרדת נוזלים. וסינון. סרט קרמי מורכב מאינספור אבן קטנה לא סדירה כמו חלקיקי קרמיקה, היוצרים נקבוביות ביניהם. גודל הנקבוביות הוא 20-100 ננומטר בלבד, מה שמאפשר להפריד ביעילות בין חומרים בגדלים מולקולריים שונים.

במערכת סינון ממברנה קרמית, קיים לרוב רוטור המורכב ממספר סטים של לוחות סינון קרמיים וכן רכיבים כגון ראש חלוקה, תסיסה, מגרד וכו'. כאשר הרוטור פועל, לוח המסנן יהיה שקוע מתחת למים. מפלס הנוזל של התרחיץ במיכל, יוצר שכבה של הצטברות חלקיקים מוצקים. כאשר צלחת המסנן עוזבת את מפלס הנוזל של התרחיץ, חלקיקים מוצקים יווצרו עוגת סינון וימשיכו להתייבש תחת ואקום, ויייבשו עוד יותר את עוגת המסנן. לאחר מכן, הרוטור יסתובב למקום המצויד במגרד להוצאת עוגת הסינון ויועבר באמצעות מסוע רצועה למקום הרצוי.