עקרון העבודה של מסנני שטיפה לאחור כולל בעיקר את ההיבטים הבאים:

פעולת סינון רגילה. כאשר המסנן פועל כראוי, המים זורמים דרך המסנן ומשתמשים בעקרון האינרציה כדי להפקיד חלקיקים קטנים, זיהומים ומוצקים מרחפים במים ליד מוצא הפריקה. בשלב זה, שסתום הסחת זרימת המים נשאר פתוח כדי להקל על שקיעת זיהומים.

תהליך שטיפה והזרמת שפכים. בעת ניקוי מסך המסנן, שסתום הסחת זרימת המים נשאר פתוח. כאשר כמות הזיהומים המיירטים על ידי המסנן מגיעה לרמה מסוימת, השסתום על מוצא הפריקה נפתח, והזיהומים הנדבקים למסנן נשטפים על ידי זרימת מים עד שהמים הנפלטים מתבהרים. לאחר השטיפה, סגור את השסתום על יציאת הניקוז והמערכת תחזור לפעולה רגילה.

תהליך שטיפה לאחור והזרמת שפכים. במהלך שטיפה לאחור, שסתום הסחת זרימת המים נסגר ושסתום הניקוז נפתח. זה מאלץ את זרימת המים להיכנס לצד החיצוני של מחסנית המסנן דרך חור הרשת בחלק הכניסה של מחסנית המסנן, ולשטוף לאחור את הזיהומים הנדבקים לחור הרשת בשכבת המעטפת, ובכך להשיג את המטרה של ניקוי מחסנית מסנן. עקב סגירת שסתום ההיגוי, קצב זרימת המים עולה לאחר מעבר דרך שסתום השטיפה, וכתוצאה מכך אפקט שטיפה לאחור טוב יותר.

לסיכום, מסנן השטיפה לאחור מסיר ביעילות זיהומים מהמים ומגן על פעולתו הרגילה של ציוד אחר במערכת באמצעות שלוש שיטות: סינון רגיל, פריקת שטיפה והזרמת שטיפה לאחור.